1444 errichteten der Hofmarksherr von Deutenkofen Caspar Pfäffinger und seine Frau Elisabeth, geb. Trennbeck, die Kirche zu Ehren von Sankt Peter und Paul. Dies geht aus der in Ziegel geritzten Inschrift hervor, die an der Sockelabschrägung an der Außenseite des Chores zu sehen ist. Später wuerde daraus das Patrozinium Pauli Bekehrung.
Caspar Pfäffinger zu Teyttenkofen, wie er sich nannte, war von 1433-44 Rat Herzog Heinrichs IV. und dann Erbmarschall in Bayern. Er bekleidete also hohe Ämter bei Hofe. Eine seiner Töchter wurde Äbtissin des Klosters Frauenchiemsee. Wenn er in Deutenkofen weilte, wohnte er in der Taferne, denn das Schloss stand noch nicht. Gegenüber seiner Herberge baute er die Kirche für seine Hofmark.
Das Langhaus ist annähernd quadratisch mit flacher Decke. Der Chor weist ein Tonnengewölbe mit zwei Jochen und Stichkappen auf.
1730 ließen Georg Siegmund von und zu Hegnenberg Dux und besonders seine Frau Maria Anna, geb. von Lerchenfeld, verwitzwete Gräfin von Seyboldsdorf, die Kirche barockisieren. Ihre Grabplatte mit dem ungewöhnlich langen Text wurde in die Nordwand eingelassen. Die Altäre sind in Form und Farbe ein schönes Beispiel des bayerischen Rokoko. Am Hochaltar ist von der alten Kirche noch das spätgotische Holzrelief geblieben, das die dramatische Szene der Bekehrung des Hl. Paulus darstellt.